86 Part 2 kelanjutan dari kisah sebelumnya, peperangan berkepanjangan antara Republik San Mongolia melawan Kekaisaran Giadian yang berlangsung beberapa tahun kebelakangan. Selama peperangan tersebut RSM di serang oleh drone tanpa awak milik Kekaisaran Giadian yang disebut Legiun. Setelah beberapa tahun berlalu RSM berhasil membuat drone seperti Giadian dan mereka mengklam selama itu juga tidak ada korban dipihak mereka. Tapi mungkinkah itu semua hanyalah propaganda belaka dari pihak militer dan pemerintah?

Di luar tembok yang membentang melindungi delapan puluh lima wilayah Republik, terdapat sektor 86 “non-existent”. Milizé Vladilena atau Lena menjadi Handler orang yang memandu para drone milik RSM. Dan dirinya di tugaskan menjadi Handler skuadron Spearhead untuk menggantikan Handler mereka sebelumnya. Lena tau kalau mereka yang tinggal disana bukanlah robot dan dipaksa berjuang dalam pertempuran melawan Legiun. Karena dia tau rahasia tersebut maka Lena selalu merasa bersalah bila ada skuadron nya yang terbunuh dalam peperangan. Disisi lain ada Nouzen Shinei atau Shin yang merupakan pemimpin di skuadron Spearhead dan yang paling kuat di satuan tersebut. Shin sendiri adalah pemimpin yang dingin, hebat dalam mempredeksi peperangan dan melindungi pasukannya. Hampir setiap peperangan dirinya tidak perlu bimbingan dari Handler.

Ini lah kisah dua orang yang berjuang dalam peperangan dari dua sisi yang berbeda; Shin bertindak langsung di medan perang, sementara Lena mengomando detasemen 86 dari jauh dengan bantuan alat komunikasi khusus. Kisah perjuangan dan perpisahan yang menyedihkan keduanya pun dimulai.